Beberapa kelemahan absensi sidik jari antatra lain:
Harga yang relatif lebih murah dibanding sistem absensi biometrik bahkan sistem absensi dengan kartu atau kertas lainnya. Hal ini menjadi kekurangan bagi para tukang markup anggaran. Sehingga tidak sesuai dengan budget. Dikarenakan lebih murah sehingga pembeli harus makup harga sendiri.
Menekan pengeluaran fiktif perusahaan, seperti uang lembur, uang hadir, catatan prestasi karyawan. Namun sistem ini bisa diakali dengan menghitung terlambat dan mengabaikan lembur. Sehingga perusahaan tidak keluar uang banyak untuk memberi upah lebih kepada karyawan teladan.
Meningkatkan produktifitas perusahaan, menjadi pemicu karyawan untuk hadir tepatwaktu dan kehadirannya tidak fiktif. Bagi manajemen inisangat bagis namun tidak untukkaryawan dengan hobi telat dan pemalas.
Data absensi langsung masuk ke komputer, bisa langsung diolah guna pembuatan laporan. Pengggunaan laporan absensi kadang bukan menjadi pilihan bagus untuk karyawan HRD yang malas dengan softare yang baru. Padahal sistem software absensi sudah disesuaikan sehingga lebih friendly.
Tidak memungkinkan penitipan presensi maupun pemalsuan sidik jari. Baik dipalsukan dengan fotocopy sidik jari atau sidik jari tiruan. Ini menjadi kelemahan semua pegawai yang malas. Mereka harus datang lebih pagi untuk sekedar absensi.Tidak seperti saat absensi dengan tanda tangan atau kartu. Bisa dibilang ini "Menyebalkan!"
Bagaimana menurut Anda?